12 января 2001 года в газете «Наша Свобода  (белор.)рус.» была опубликована статья «Врачебное заключение», в которой приведено медицинское заключение врача-психиатра Дмитрия Ивановича Щигельского о психическом заболевании Лукашенко. Согласно архивным материалам, на которые ссылается психиатр, в частности, амбулаторной карте, у Лукашенко ещё в молодости неоднократно диагностирована мозаичная психопатия. В статье утверждалось, что впервые диагноз был поставлен советскими гражданскими психиатрами в 1976 году, подтверждён военными психиатрами в 1982 году, когда Лукашенко был комиссован из армии по статье 7б с диагнозом «мозаичная психопатия» с должности замполита в/ч 04104^[301][302]. При этом доказательств данного диагноза в форме копий заключений с указанием фамилий врачей предоставлено не было. В связи с этим прокуратурой Белоруссии в отношении Щигельского было возбуждено уголовное дело по ч. 1 ст. 367 Уголовного кодекса — клевета в отношении президента Республики Беларусь^[303]. Сам Щигельский успел уехать в США перед самым опубликованием своего врачебного заключения^[304]. В дальнейшем факты о «мозаичной психопатии» упоминались в документальном фильме «Крёстный батька».

В 2014 году Лукашенко сделали операцию на колене^[305][306]. Операция прошла в Республиканском клиническом медицинском центре Управления делами президента Белоруссии^[307]. Причиной операции стала травма, полученная во время одной из хоккейных тренировок^[307][308].

28 июля 2020 года Лукашенко заявил, что «бессимптомно» переболел коронавирусной инфекцией^[309]. В конце июля 2020 года Лукашенко переболел COVID-19, одновременно со своим сыном Николаем и своим доктором. Попросил своего врача поставить его на ноги в течение пяти дней, так как собирался выступать с ежегодным Посланием к белорусскому народу и Национальному собранию^[310]. Перед этим оно было запланировано на 3 августа, но 2 августа было объявлено, что оно может быть перенесено на 4 августа или вовсе отложено на неопределённый срок^[311]. Президент читал свою речь лишь полтора часа — это одно из самых коротких посланий за всю историю^[312]. Зрители заметили одышку, бледность и обильное потоотделение^[313]. Перед этим Лукашенко демонстративно отказывался носить маску, проводил многочисленные совещания и заявлял, что не сдавал тест на коронавирус. Его партнёров по спортивным состязаниям при этом в пожарном порядке тестировали при первых признаках инфицирования. Лукашенко советовал лечиться от коронавируса трактором, водкой, дымом от костра и тому подобным^[314][315]. В январе 2021 года Лукашенко заявил, что не планирует вакцинироваться^[310].